洪武二十五年四月丙子，即公元1392年05月17日，朱标薨于南京东宫，终年38岁 。
先是洪武二十四年八月，太祖朱元璋命皇太子朱标巡抚陕西，考察西安、洛阳，商议迁都事宜；同时调查秦王朱樉在西安的过失。
皇太子一行八月十一日出京，十一月二十八日返回南京，献上亲手绘制的陕西地图，随即发病。
从病倒到死亡近五个月；卧病期间仍然上书讨论建都经略事宜，来年四月，太子殿下去世，太祖皇帝老来丧子，悲痛异常，恸哭不已，持服十二日，说起来老朱的命运也不济，少年丧父，中年丧妻，老来丧子。
太子去世后谥懿文太子，附葬孝陵，为了让皇太孙顺利即位掌控全局，老朱随即开始大规模清洗勋贵。